John si risveglia in ospedale dopo un coma durato nove mesi. Gli unici suoi ricordi prima del ricovero sono quelli dell'omicidio della moglie e della figlia da parte di Luc Deveraux, un Universal Soldier a cui John giura vendetta. John viene a sapere che Deveraux si è nascosto con un gruppo di fedelissimi in un bunker sotterraneo, dal quale con l'aiuto del compagno d'armi Scott, sta organizzando un vero e proprio esercito con lo scopo di vendicarsi del governo, reo di avere usato lui e altri soldati per orribili massacri. Ma durante le sue indagini John si imbatte in rivelazioni sconcertanti che potrebbero ribaltare definitivamente le carte in tavola.